Основные и широко распространенные в развитых странах— производителях грибов болезни шампиньонов — сухая (вертициллез) и белая гниль (микогон) — в Болгарии встречаются редко. Источником заражения шампиньонов этими двумя грибными болезнями является почва, поэтому следует воздерживаться от ее использования в качестве покровного материала.
В Болгарии наиболее часто в небольших шампиньонницах наблюдаются паутинистая плесень, мумификация плодовых тел и вирусные заболевания. В некоторых шампиньонницах развиваются вредные бактерии как на завязях, так и на оформленных плодовых телах. Иногда встречаются и физиологические аномалии. Каждый грибовод должен уметь распознавать признаки этих болезней, чтобы можно было принять срочные меры по ограничению их распространения.
