Целесообразно посев мицелия в субстрат проводить на площадке перед самой камерой, насыпать субстрат в мешки из полимерной пленки и сразу же отвозить их в шампиньонницу. Если она находится далеко от камеры, то готовый субстрат предпочтительнее отправлять в массе, а посадку мицелия и наполнение мешков производить на площадке перед шампиньонницей или в самой шампиньоннице.
Следует иметь в виду, что в этот момент в субстрат могут попасть возбудители болезней и вредители шампиньона, что обусловливает снижение его селективности. Поэтому выгрузку, посадку мицелия и транспортировку готового субстрата следует завершать в течение одного рабочего дня.
Основным источником инфекции на этом этапе является ранее использованный субстрат, старые помещения, приспособленные для выращивания шампиньонов, улицы и дороги, по которым перевозили субстрат и, возможно, рассыпали старый использованный субстрат. Одновременно с пылью ветер разносит и распространяет споры опасных для шампиньона возбудителей болезней. Например, в Болгарии в некоторых районах встречается оливковая плесень, которая сильно поражает мицелий. При хорошо проведенной пастеризации споры этой плесени погибают, но не устраняется опасность более поздней инфекции, и чем раньше она попадает в субстрат, тем больше потери.
Если появляется необходимость задержать выгрузку субстрата из камеры, то в компостной массе следует поддерживать температуру не выше 25 °С. Это достигается периодическим проветриванием камеры с помощью вентиляционной установки. В зависимости от сезона, т. е. от температуры наружного воздуха, необходимую температуру поддерживают включением вентилятора на 5 — 10 мин через каждый час, на 15 мин через каждые 3—4 ч и т. д. При получении неудовлетворительного урожая в шампиньоннице грибовод должен вспомнить об отклонении в технологическом процессе, которое он допустил. Опоздание с посадкой мицелия создает условия для развития в субстрате других конкурентных для шампиньонов микроорганизмов. В результате этого задерживается развитие мицелия шампиньона, он не получает необходимого количества питательных веществ, запаздывает период плодоношения, снижается валовой урожай.
Если по условиям погоды или организационным причинам нужно оставить часть субстрата в камере до следующего рабочего дня, то его необходимо равномерно распределить по всей решетке пола, чтобы можно было проветривать и охлаждать с помощью вентиляционной установки. Иногда нагнетаемый воздух будет проходить только через свободную от субстрата часть решетки. Двери камеры должны быть закрыты, a все другие отверстия защищены сетками от вторжения грибных мух снаружи. В противном случае они отложат на субстрат свои многочисленные яйца еще до посадки мицелия, и, кроме непосредственного вреда, который причиняют грибнице первые вылупившиеся личинки, еще в начале цикла выращивания будут созданы условия для массового размножения грибных мух в шампиньоннице.
Недопустимо оставлять субстрат в куче толстым слоем на площадке перед шампиньонницей или внутри нее. Термически обработанный субстрат является сравнительно неактивным, однако в нем создаются условия для развития неконтролируемой ферментации, при которой он теряет наиболее ценное свое качество — селективность.
Размножение некоторых конкурентных для шампиньона микроорганизмов не только может задержать, но и полностью подавить развитие его мицелия.