Мешки вносят в шампиньонницу вручную или доставляют их на тележке. В зависимости от конкретных условий каждый мешок подготавливают или перед шампиньонницей, или на месте его установки.
В последний раз оформляют субстрат в мешке, поверхность его выравнивают и уплотняют ладонью у стенок мешка вручную, расправляют пленку, чтобы не осталось воздушного пространства между нею и субстратом.
Некоторые грибоводы используют деревянное приспособление в форме полумесяца, которым уплотняют субстрат у стенок мешка так, что образуется немного выпуклое кольцо и устраняется отделение стенок мешка от субстрата. Если мешок изготовлен из тонкой полимерной пленки, то верхний его край завертывают вниз (как рукав) и над субстратом оставляют складку высотой 2,5—3 см. Если пленка толстая и жесткая, то ее отрезают острым ножом на аналогичной высоте. Такая высота мешка ограничивает глубину будущего слоя покровного материала. Мешки можно обрезать и после насыпки покровного слоя. Нежелательно, чтобы при расстановке два соседних мешка соприкасались слоями покровного материала и даже субстрата. Полная изоляция мицелия в отдельных мешках служит гарантией того, что при появлении инфекции в одних мешках она не перейдет на соседние мешки.
В зависимости от сезона и толщины слоя субстрата мешки устанавливают в шахматном порядке или параллельно (см. рис. 50). Верхняя поверхность субстрата в каждом мешке должна быть ровной. Благодаря этому создаются условия для равномерной насыпки покровного материала.