Это могут быть заброшенные каменоломни, катакомбы, бомбоубежища, бункеры и подвалы под частными и общественными постройками. Такие помещения имеют некоторые преимущества: они изолированы от внешних воздействий; в них сравнительно легко поддерживать постоянные условия микроклимата; зимой их можно проветривать естественным путем, а при необходимости нетрудно и отапливать.
Однако подземные помещения имеют и серьезные недостатки, некоторые из них имеют очень большие размеры и холодны; большинство нельзя проветривать естественным путем в течение теплых сезонов года из-за недостаточной разницы температуры воздуха; другие недоступны для транспортных средств, третьи трудно дезинфицировать и т. д. Обширные подземные помещения часто невозможно разделить на самостоятельные участки, и субстрат приходится загружать поэтапно. В таком случае трудно как поддерживать оптимальные условия микроклимата, необходимые для развития культуры, так и проводить профилактические мероприятия. Особенно большую опасность с профилактической точки зрения представляют рассыпанные частицы использованного субстрата, когда нагруженные транспортные средства передвигаются мимо площадок с вновь заложенным субстратом, это обусловливает задержку сбора урожая и, следовательно, потери производственного времени. Число оборотов культуры в таких помещениях в среднем не превышает 1,5 в год.
При выборе помещения для производства шампиньонов прежде всего оценивают естественный температурный режим. Если температура воздуха в подземном помещении зимой снижается до 10 °С, а летом повышается до 20 °С, то оно считается пригодным для выращивания шампиньонов в течение всего года; в противном случае в нем можно организовать только сезонное (в осенне-зимний и зимне-весенний периоды) выращивание. При этом помещение дополнительно обязательно отапливают.