В течение всего периода плодоношения необходимо следить за состоянием грибов и за появлением вредителей в шампиньоннице и вовремя принимать меры по борьбе с ними. Поэтому каждый грибовод должен знать симптомы поражения грибов как болезнями, так и вредителями и вовремя обращаться в лабораторию по защите растений.
В период сбора урожая применять пестициды следует ограниченно (только в крайнем случае) и под непосредственным руководством специалиста. Виды препаратов, допускаемых к применению в шампиньоннице, публикуются в специальных списках. В шампиньоннице запрещается проводить обработку грибов ядовитыми препаратами. Если появляется необходимость в обработке, то проводят ее только по поверхности покровного слоя в период между волнами плодоношения. Кроме того, для каждого препарата необходимо знать срок ожидания, т. е. время после опрыскивания, в течение которого запрещен сбор грибов, и максимальную дозу, которую можно внести на 1 м2 полезной площади. Например, препарат фундазол не распадается, а аккумулируется в покровном слое, и поэтому его нельзя использовать в дозе, превышающей 2,8 г/м2 полезной площади за период плодоношения (для всех опрыскиваний, взятых вместе).
Прямо на грибы допускается лишь полив хлорированной водой.
