Плодовое тело является органом размножения, на котором образуются споры гриба. В благоприятных условиях из спор прорастают многоклеточные нити — гифы, которые образуют мицелий. Цикл развития шампиньона включает следующие стадии: спора — мицелий — плодовое тело — спора. Мицелий плотно охватывает субстрат, и его трудно отделить от него. В нем накапливаются запасы питательных веществ, необходимых для образования плодовых тел.
Если субстрат однороден, то мицелий развивается равномерно. Гифы мицелия (сначала паутинистые) имеют серебристо-белесую окраску. Постепенно паутинистый мицелий грубеет, отдельные гифы соединяются друг с другом (анастомозы) и образуют белый нитевидный мицелий, который пронизывает субстрат также в различных направлениях. Если нитевидный мицелий образуется без исчезновения паутинистого, то это свидетельствует о том, что в вегетативном теле гриба накопились резервные питательные вещества и он готов к плодоношению. Как только мицелий достигнет слоя покровного материала, он начинает расти вверх главным образом за счет удлинения гиф. На нитевидном мицелии в слое покровного материала (над субстратом) образуются завязи будущих плодовых тел. Они представляют собой небольшие узлы грибной ткани диаметром несколько миллиметров. При их увеличении нитевидные образования мицелия утолщаются и превращаются в белые шнуровидные тяжи (ризоморфы) толщиной до 3 мм. Этот мицелий называют тяжистым: он имеет двойное назначение — вместе с нитевидным мицелием служит в качестве проводящей ткани для доставки питательных веществ к плодовым телам и выполняет механическую функцию, связывая увеличивающиеся плодовые тела и мицелий. После отрыва плодовых тел тяжистый (шнуровидный) мицелий отмирает.
Плодоношение шампиньона обычно проходит волнами, продолжительность которых составляет 7 — 10 дней. Некоторые штаммы шампиньона плодоносят относительно равномерно.
Плодовое тело шампиньона состоит из ножки и шляпки с частным покрывалом с нижней стороны, шляпка может иметь белую, кремовую или коричневую окраску кожицы с гладкой или чешуйчатой поверхностью в зависимости от вида, расы, штамма или условий выращивания. По мере роста плодового тела покрывало разрывается, и с нижней стороны шляпки открываются радиально расположенные пластинки, называемые ламелями, которые покрыты розовым спорообразующим слоем. Под микроскопом можно наблюдать, что в этом слое находятся булавовидные образования — базидии. У двуспорового шампиньона на каждой базидии имеется по две ножки — стеригмы, а у четырехспоровых — по четыре. На стеригмах образуются темно-коричневые споры с фиолетовым оттенком. Поэтому пластинки на стареющем плодовом теле становятся темно-коричневыми. Одно плодовое тело образует несколько миллиардов спор. Плодовые тела вырастают за 7 — 20 дней в зависимости от температурного режима в шампиньоннице. Шампиньон может размножаться также и вегетативно — с помощью кусочков предварительно выращенного посадочного материала — мицелия. На практике используется вегетативное размножение, которое является более надежным. Мицелий выращивают в специальных лабораториях.