Субстрат — сложное вещество, связанное с жизнедеятельностью десятков микроорганизмов в органической среде, в различные сезоны, на открытых площадках или в закрытых помещениях; механизм этого процесса до конца еще не выяснен. Поэтому производители субстрата ориентируются на использование более стандартных по виду и по составу исходных материалов, стремятся механизировать и регулировать техническими средствами процессы, протекающие в компостируемой массе.
Считается, что ферментация лучше всего протекает при температуре 51—53 °С. Однако при такой температуре погибают не все вредные для шампиньона микроорганизмы. Применение же технического обогрева компостируемой массы не всегда способствует правильному течению микробиологической ферментации. Поэтому предпочтение отдается все еще классическим методам компостирования.
На практике из предварительно подготовленных материалов формируют правильной формы кучи — бурты субстрата, которые периода-чески перетряхивают вручную или с помощью перебивочной машины, чтобы в них проникал воздух или чтобы внести воду и различные добавки.
При современном производстве шампиньонов компостирование завершают в специальных камерах. Там сырой субстрат, прошедший микробиологическую ферментацию в буртах, подвергают дополнительной или завершающей контролируемой ферментации.